O ano era 1992. No cenário político e socioeconômico, o estado do Tocantins tinha acabado de nascer constitucionalmente. As instituições públicas e privadas que fazem parte da estrutura estatal das unidades federativas começavam a se organizar e criar suas entidades. Nesse período, grupos de empresários e líderes classistas do município de Gurupi começaram a se articular, no intuito de criar uma organização que os representasse. Inicialmente, os comerciantes da região Sul do Tocantins reuniram-se e fundaram a Federação do Comércio em Gurupi. Com chapa única e aprovada em ata por unanimidade, que contava com a presença dos seguintes membros: Itelvino Pisoni, Idemar José Ferreira, Valdemir de Sá, José Carlos Miosso, Lincoln Luiz Guimarães, Jeová Pereira de Abreu, Nilto César Dias, Valdir de Sá, Zenill Brey Bueno, Manoel Martins Carneiro da Silva, Marcondes Joel Gonçalves Bastos, José Divino Pereira da Costa, Joseli Angelo Agnolin, Edna Oliveira Maciel e Joaquim Carlos Almeida Braga. Pouco tempo depois, outro grupo criou a Federação do Comércio na região Norte, em Araguaína, com os membros principais sendo: Anselmo da Silva Moraes, Hugo de Carvalho, César Hanna Halum, Rubens Pereira da Luz e Marcos Vinícius Lima Ribeiro. Criou-se, então, uma situação de divergências. Mas, depois de negociações e acordos, em 1993, as duas Federações se uniram, ficando acordado entre os envolvidos que a presidência provisória ficaria a cargo do Sr. Itelvino Pisoni (1992 a 1993).

A título de registro histórico, a primeira ata da Federação foi feita em 4 de maio de 1992, publicada no Diário Oficial logo após. Anteriormente a isso, esses mesmos empresários criaram os sindicatos patronais, sendo definidos como presidentes Anselmo da Silva Moraes, para o Sindicato do Comércio Varejista de Móveis, Artigos de Colchoaria e Decoração do Estado do Tocantins - SICOMOV; Hugo de Carvalho, para o Sindicato do Comércio Atacadista de Produtos Alimentícios e de Bebidas do Estado do Tocantins - SIAPABE; Idemar José Ferreira, para o Sindicato do Comércio Varejista de Máquinas e Equipamentos, Peças e Acessórios para uso na Agropecuária do Estado do Tocantins - SINDIMÁQUINAS; Itelvino Pisoni, para o Sindicato do Comércio Varejista do Estado do Tocantins - SICOVAR; Marcone Joel Bastos, para o Sindicato de Comércio Varejista de Produtos Farmacêuticos do Estado do Tocantins - SINDIFARMA; Marcos Vinicius, para o Sindicato do Comércio Varejista de Veículos, Peças e Acessórios do Estado do Tocantins - SINCOPEÇAS, anteriormente denominado SINCOPE; Cesar Hanna Halum, para presidente do Sindicato do Comércio Varejista de Gêneros Alimentícios do Estado do Tocantins - SIGEALTO; e Rubens Pereira da Luz, para o Sindicato do Comércio Varejista de Materiais Elétricos e Eletrônicos do Estado do Tocantins - SICOVAME. Dois anos depois, foi criado o Sindicato do Turismo e Hospitalidade do Estado do Tocantins - SINDHORBS.

Em 1993, realizou-se uma reunião em Paraíso do Tocantins. Nesta, houve a eleição para o novo presidente da Federação unificada, que elegeu o Sr. Joseli Angelo Agnolin (1993 a 2006), um dos articuladores da iniciativa. A sede provisória da instituição foi instalada na cidade de Gurupi, de 1992 a 2006, pois se definira no estatuto que a sede definitiva da Federação do Comércio seria na capital, assim que esta tivesse condições estruturais de receber os trabalhos. Inicialmente, montou-se uma delegacia mas, definitivamente, a instituição só se instalou em Palmas por meio da ata da reunião do conselho, em 26 de julho de 2006. Na gestão do então presidente Angelo Agnolin, o Sistema ampliou suas atividades e diversos prédios foram inaugurados para melhor atender a população tocantinense, a exemplo, o Centro de Atividades SESC de Araguaína, SESC Ler de Paraíso do Tocantins, Centro de Educação Profissional do SENAC em Palmas, a sede conjunta da Federação do Comércio e SESC, e outros.

O surgimento da instituição em Gurupi se deu em um local improvisado, mas com muita determinação dos que faziam parte do grupo inicial. A vontade desse grupo visionário era a de mostrar que, apesar de novo, o estado tinha muito a crescer e se desenvolver e, para isso, era preciso buscar apoio da entidade maior do comércio, a Confederação Nacional do Comércio - CNC que, ao longo dos anos, tem contribuído para reafirmar a importância do Sistema FECOMÉRCIO no estado. Em 1994, a Federação do Comércio do Estado do Tocantins, entidade sindical de grau superior, passou a integrar a CNC, sendo reconhecida pela instituição.

Junto com cada comerciante, a FECOMÉRCIO é responsável pela administração do Serviço Nacional de Aprendizagem Comercial - SENAC e o Serviço Social do Comércio - SESC, criados em 1946, mas que chegaram ao Tocantins em 1996 e 1997, respectivamente. As duas instituições vêm evoluindo permanentemente, tornando-se agentes de transformação para a educação profissional e para o bem-estar social do trabalhador do comércio de bens, de serviços e turismo, aprimorando o desempenho do comércio e garantindo qualidade de vida aos tocantinenses.